Die Synode ist gemäß der Kirchenordnung das „maßgebende Organ der EKHN“.
Die Synode erlässt Gesetze, besetzt durch Wahl wichtige Leitungsämter, beschließt den Haushalt und trifft wichtige kirchenpolitische Entscheidungen. Ausschüsse und regionale Arbeitsgruppen bereiten ihre Entscheidungen vor. Geleitet wird die Synode vom Kirchensynodalvorstand mit Präses Dr. Birgit Pfeiffer an der Spitze.